盐城市卫生监督所为依照公务员制度管理副处级建制的全额拨款事业单位，受市卫生局委托，行使卫生行政综合执法职能。内设8个科室和1个开发区分所。各科室的主要职能为：办公室负责行政、党务、精神文明、人事、劳资、财务、档案、图书、车辆、总务后勤等管理工作；综合业务（稽查）科负责各项业务工作的组织、协调、管理、督办、考核，卫生监督执法稽查和受理投诉举报并组织查处、督办和反馈等工作；卫生许可审查科主要负责卫生行政许可的受理、审查和出证等工作；政策法规（宣传培训）科负责卫生行政案件查处、宣传培训、从业人员培训等工作；卫生监督一科牵头负责餐饮食品安全及饮用水卫生的监督监测；卫生监督二科牵头负责公共场所单位及校园内食品安全监督监测；卫生监督三科负责医疗机构、采供血机构、幼托机构、消杀产品卫生质量以及传染病防治监督监测；卫生监督四科负责职业卫生、放射卫生监督监测；开发区分所承担开发区境内卫生监督监测综合管理职能。　

该所成立以来，在市委、市政府和市卫生局的正确领导以及社会各有关部门的关心支持下，始终坚持以“三个代表”重要思想为指导，以“为人民健康服务，为经济发展服务”为宗旨，以“依法行政，文明执法，遵纪守法”为要求，大力弘扬“与时俱进，创新创业”的精神，实现了“三个文明协调发展，两个效益同步提高”的奋斗目标，先后被市委、市政府表彰为“抗击非典先进集体”、“打假工作先进集体”，并获得省文明单位、市文明标兵单位、“五一”劳动奖状等一系列殊荣。